Cada estudiante deberá rendir un examen de calificación doctoral en el transcurso del quinto semestre. Dicho examen consistirá en la presentación de un trabajo en el contexto de la asignatura Proyecto de tesis y tendrá el formato de una publicación científica. La Comisión de Examen estará compuesta por tres miembros del Claustro Académico del Programa, designados por el Comité Académico para cada estudiante. En el acta respectiva se designará al académico que presidirá la comisión y al que actuará como secretario y ministro de fe. Ninguno de los profesores-guía podrá formar parte de dicha Comisión, aunque tendrán un espacio para formular observaciones.
Los estudiantes tendrán que presentar dicho trabajo científico con anterioridad o en la fecha indicada por el Comité Académico. El trabajo deberá ser depositado en la coordinación del Doctorado y remitido por correo electrónico a todos los miembros del Claustro Académico. La extensión del trabajo será entre veinte y treinta páginas. La estructura del proyecto será la de un proyecto de investigación en que se ampliarán los espacios asignados para el marco teórico, metodología y plan de trabajo.
La calificación del examen de calificación tendrá en consideración el texto escrito y la defensa realizada. La calificación será de 1,0 a 7,0, siendo 4,0 la nota mínima de aprobación. En el caso de que el Tribunal no llegare a un acuerdo unánime en cuanto a que el estudiante debe ser aprobado se convocará a un nuevo Tribunal, el que deberá estar compuesto por dos nuevos integrantes y el tercero será sorteado entre los participantes del primer Tribunal. El nuevo examen será realizado dentro de los dos meses siguientes al primero, teniendo el estudiante la opción de presentar un nuevo texto corregido con, a lo menos, tres semanas de anticipación a la realización de la nueva defensa. La aprobación deberá ser adoptada por la unanimidad del Tribunal, en caso contrario, se entenderá como no apto.
En el caso de que algún estudiante reprobase (no apto) el Examen de Calificación Doctoral, se dará una segunda oportunidad al estudiante para poder volver a presentarse con un nuevo trabajo. En caso de que el estudiante reprobase en segunda oportunidad, no podrá continuar en el programa.